根據(jù)分離原理的不同，可分為：
（一）液－液色譜法（或稱液－液分配色譜法）

流動(dòng)相和固定相都是液體。試樣溶于流動(dòng)相后，在色譜柱內(nèi)經(jīng)過分界面進(jìn)入固定液（固定相）中，由于試樣組分在固定相和流動(dòng)相之間的相對溶解度存在差異，因而溶質(zhì)在兩相間進(jìn)行分配。跟氣一液分配色譜有相似之處：分離順序決定于分配系數(shù)的大小，分配系數(shù)大的組分保留值大。分配系數(shù)為溶質(zhì)在固定相和流動(dòng)相中的濃度之比。但是氣相色譜法中流動(dòng)相的性質(zhì)對分配系數(shù)影響大小，而液相色譜中流動(dòng)相的種類對分配系數(shù)卻有較大的影響。

（二）液一固色譜法（或稱吸附色譜法）

流動(dòng)相為液體，固定相為吸附劑。這是根據(jù)物質(zhì)吸附作用的不同來進(jìn)行分離的。溶質(zhì)分子被固定相吸附，將取代固定相表面上的溶劑分子。如果溶劑分子吸附性更強(qiáng)，則被吸附的溶質(zhì)分子將相應(yīng)地減少。吸附性大的溶質(zhì)就會(huì)zui后流出。

液一固色譜適用于分離相對分子質(zhì)量中等的油溶性樣品，對具有不同官能團(tuán)的化合物和異構(gòu)體有較高的選擇性。凡能用薄層色譜成功地進(jìn)行分離的化合物，亦可用液一固色譜進(jìn)行分離。缺點(diǎn)是由于非線性等溫吸附常引起峰的拖尾現(xiàn)象。 

（三）離子交換色譜法

離子交換色譜法是基于離子交換樹脂上可電離的離子與流動(dòng)相中具有相同電荷的溶質(zhì)離子進(jìn)行可逆交換，依據(jù)這些離子對交換劑具有不同的親和力而將它們分離的一種方法。

離子交換色譜主要用來分離離子或可離解的化合物，它不僅用于無機(jī)離子的分離，例如稀土化合物及各種裂變產(chǎn)物，還用于有機(jī)物的分離。20世紀(jì)60年代前后，已成功地分離了氨基酸、 核酸、蛋白質(zhì)等，在生物化學(xué)領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。

〔四）離子對色譜法

離子對色譜法是將一種（或多種）與溶劑分子電荷相反的離子（稱為對離子或反離子）加到流動(dòng)相或固定相中，使其與溶質(zhì)離子結(jié)合形成離子對化合物，從而控制溶質(zhì)離子的保留行為。

離子對色譜，特別是反相離子對色譜解決了以往難分離混合物的分離問題，諸如酸、堿和離子和非離子的混合物，特別對一些生化樣品如核酸、核苷、兒茶酚胺、生物堿以及藥物等的分離。另外還可以借助離子對的生成給樣品引入紫外吸收或發(fā)熒光的基團(tuán)，以提高檢測的靈敏度。

（五）離子色譜法

離子色譜是目前*能獲得快速、靈敏、準(zhǔn)確和多組分分析效果的方法，因而受廣泛重視并得到迅速的發(fā)展。檢測手段已擴(kuò)展到電導(dǎo)檢測器之外的其它類型的檢測器，如電化學(xué)檢測器，紫外光度檢測器等。可分析的離子正在增多，從無機(jī)和有機(jī)陰離子至金屬陽離子，從有機(jī)陽離子到糖類、氨基酸等均可用離子色譜法進(jìn)行分析。

（六）空間排阻色譜

空間排阻色譜以凝膠為固定相，它的分離機(jī)理與其它色譜*不同。它類似于分子篩的作用，但凝膠的孔徑比分子篩要大得多，一般為數(shù)納米到數(shù)百納米。溶質(zhì)在兩相之間不是靠其相互作用力的不同來分離，而是按分子大小進(jìn)行分離。分離只與凝膠的孔徑分布和溶質(zhì)的流體力學(xué)體積或分子大小有關(guān)。